Думаю, это точно не в интересах ФНС. Следовательно, не стоит ждать помощи от её сотрудников. Чтобы убрать переплату по НДС, обратитесь к специалистам, которые именно с налогообложением работают. Например, вас сможет выручить эта команда
http://nalog.pw/ . Рекомендую заранее подготовить последнюю финансовую отчётность.